L'Unità Operativa Complessa di Chimica si occupa degli aspetti chimici relativi alla garanzia della sicurezza alimentare, sia per gli alimenti di origine animale e vegetale destinati al consumo umano, sia degli alimenti per animali. Si occupa inoltre delle problematiche chimiche di contaminazione ambientale che hanno potenziale ricaduta sulla sanità animale e sicurezza degli alimenti. Opera a supporto delle attività di controllo sanitario ufficiale nonché delle aziende di produzione agroalimentare delle due regioni. Le unità presenti all'interno della struttura si occupano della determinazione di residui di sostanze farmacologicamente attive nei prodotti di origine animale, di contaminanti negli alimenti destinati al consumo umano e nei mangimi e di farmaci e additivi nei mangimi. Assicura l’attività di consulenza sia alle autorità competenti nella pianificazione e nella esecuzione dei piani di controllo ufficiale, sia alle aziende private nella organizzazione e conduzione dei propri piani di autocontrollo. Si occupa inoltre di ricerca scientifica per quanto riguarda gli ambiti di propria competenza, di formazione e divulgazione tecnico-scientifica.